程斌已经达成了他来到这个世界的主要目的，甚至收获远远超出。
但他也没有第一时间回归內域零号世界。
一方面，程斌想看看智能程序承诺的，在它们离开后人类的情况；另一方面，他也对智能程序最关键的进化过程很感兴趣。
所以程斌开始在数据的世界里漫游，一边带着好奇观察智能程序们另类的社会景象，一边等待最关键时刻的到来。
获得了机械大帝提供的渠道与权限后，除了机械大帝管控的最核心区域，他可以任意访问智能程序生活的数据网络，包括且不限于模拟二十世纪的母体、被隔离的区域锡安、中间数据传送区火车站
在研究虚拟世界底层数据结构的同时，在这数据的世界里，程斌看到了很多由机械大帝延伸而来，却又独立自主的智能程序，在完成本职工作的基础上，它们都套着人类的数据对象作为外壳在网络中活动，将数据转化为图像后可以看到各种各样的人类外貌。
这种明显会降低交互效率的人类外壳，各种智能程序却乐此不彼，对这种情况感到疑惑的程斌从另一个黑客帝国剧本里知名的智能程序那获得了答案——
在一个简陋的平民房间中，程斌见到了除了尼奥外，拟人化程度最高的智能程序“先知”——一个看上去健康乐观的中年女人。
在先知杂而不乱的房间里找个地方坐下后，程斌和织着毛毯的先知聊了起来，顺路提到了之前疑惑的人类外壳的问题。
先知认真地编制着手里仿佛永远编不完的毛毯，在听到程斌的这个疑问后，她停下手中动作，抬头淡笑着对程斌轻声解释——
一来，模仿人类的行为方式，有助于它们对人类情感算法的探究，二来
纵然与人类之间曾发生过种族灭绝级别的战争，但思路清奇的智能程序并不像人类那样会将仇恨铭刻在心，无论对人类采取什么样的行动，它们心底依旧尊重着自己的造物主，乐于模仿学习自己造物主的外貌言行，并以此为荣。
虽然不知道智能程序在进化前，它们眼里所谓的尊重和荣耀是个什么鬼概念了
在感慨的程斌与先知聊天的过程中，意外的访客来到了先知的房间——
风格一致的黑色长风衣、黑墨镜，一个脸型宽厚的光头黑人、一个盘着头发的清瘦女人、一个短黑发的年轻男子。
墨菲斯，崔妮蒂，尼奥。
遵守着之前与机械大帝达成的协议，程斌调动着自己的权限将自己的身躯化为无影无形的存在，没有被来拜访先知的锡安人员发现。
尼奥一行身为以摆脱智能程序控制为目标的锡安人员，却被身为智能程序的先知以预言的形式引导着行动，真的有种莫名的讽刺感。
而看着几人与先知的对话，看着这与电影剧本里高度相似的场景在眼前上演，程斌心底的感触也是颇为复杂——虽然系统早已说过这不过是在接近无限的世界基数下匹配的结果，但程斌依旧有种现实与虚幻交杂的奇妙感触。
在锡安的人员最后离开前，尼奥疑惑地看了眼房间里某个空无一物的角落，随后回头跟上了队伍。
在几人离开后，把椅子和身边的东西一起化为无形的程斌重新现出身影，对着微笑看来的先知摊手耸了耸肩。
经过了一段不长不短时间后，机械大帝等待的最后一刻终于到来。
智能程序想要进化成真正的智慧生命，但智能程序的顶点——机械大帝并不希望这种进化如同人类一般，让和谐一致的智能程序产生过度的私心而分崩离析。
所以早就清楚探明了人脑运作机制的智能程序们，才会待在地球上默默等待着，一点一点地优化改良名为尼奥的智能程序，直至完全剥离了从人类那得来的感性算法里被认为是负面的那部分，探明了二进制生命正确的进化道路。
从尼奥身上被剥离的负面算法化为名为史密斯的可怕病毒，这个曾被尼奥入侵击杀过的母体特工，如同预料的那样，感染了包括母体与锡安在内的所有虚拟世界的程序，将自身复制到每一个程序对象与人类虚拟体上，令虚拟秩序全崩盘——虽然这些地方都在机械大帝专门画出来的隔离圈子里。
虽然此时的尼奥已经知晓了大部分的真相，但在名为“爱”的程序引导下，为了拯救人类与自己的爱人崔妮蒂，他只能选择将自我所有程式公开，让机械大帝侵入获取他当前的程序本源——那如同人类一般，充满了情感，遍布着矛盾，既混沌又明确的神奇核心算法。
机械大帝就在这尼奥与史密斯的数据纠缠中，取得了最终进化的钥匙。
在母体模拟的二十世纪城市里，史密斯与尼奥的最终决战打的天翻地覆，但对于程斌与机械大帝来说，那不过是某些表层数据的交互罢了，结果在收获了果实后就已经注定，拥有底层权限的机械大帝随时可以将整个虚拟世界重置。
人类被史密斯覆盖的只是虚拟世界里的数据体，本身并没有受到什么的影响，对于能够操纵记忆的智能程序来说，想让人类在毫无知觉的情况下恢复平静的日常生活真是不要太简单——
操纵记忆，真的是件非常可怕的事情，生活在虚拟世界中的人类，永远不会知道自己的生活是不是刚刚才被创造出来的，不知道自己那些刻骨铭心的记忆与文明引以为傲的历史其实并非真实存在，而是由数据转化而来。